Para além de MP3, AAC, WAV e AIFF, o XDJ-1000MK2 suporta os formatos de som FLAC e ALAC de alta qualidade até 48kHz/24-bit. Foi adicionada uma saída digital para enviar áudio sem degradação, enquanto a fonte de alimentação para áudio analógico está completamente separada do circuito digital para reduzir o ruído.