O ME-90B oferece tudo o que um baixista precisa, acedido através da interface clássica BOSS ME para uma operação rápida ao estilo pedaleira. Cada categoria de efeito possui knobs de parâmetros independentes, permitindo ajustar os sons instantaneamente. O modo manual permite o controlo por pedal on/off de cada categoria, enquanto o modo Memory permite chamar 36 configurações personalizadas de multi-efeitos. Cada pedal tem uma cor de LED diferente para facilitar a identificação, e é possível definir todos os LEDs para acenderem numa cor fixa para cada modo, se desejado.